مشکلات عمده زیست‌بوم تاجیکستان، غلظت مواد شیمیایی کشاورزی و نمک در خاک و آبهای زیرزمینی، آلودگی هوا ناشی از صنعت و وسایل نقلیه و آلودگی آب از رواناب کشاورزی و فاضلاب صنعتی تصفیه نشده و مدیریت ضعیف منابع آب و فرسایش خاک است.

آلودگی آب

فاضلابهای صنعتی تصفیه نشده از دلایل آلودگی آب در تاجیکستان می‌باشد.

فرسایش خاک

فرسایش خاک در ۷۰ درصد از زمین‌های کشاورزی وجود دارد و چرای بیش از حد نیز به فرسایش خاک کمک می‌کند.

آلودگی هوا

علاوه بر صنعت و وسایل نقلیه، در تابستان گرد و غبار و شن و ماسه از صحراهای ازبکستان و ترکمنستان باعث آلودگی هوا دردشتهای جنوب غربی می‌شود.

تخریب جنگل

تخریب جنگل و قطع درختان برای گسترش زمین‌های کشاورزی و چرای دام نیز یک مشکل جدی در تاجیکستان است.